北京鶴年堂始建于明朝?永樂三年（公元1405年)，比故宮早15年，比同仁堂早264年，600多年來，北京鶴年堂早就形成了獨具特色的以“調元氣，養太和”為內涵，集中醫診療、藥膳、食養、動調與一體的“鶴年堂中醫藥養生文化”。

北京鶴年堂中醫醫院秉承六百年老鶴年堂中醫藥治病、防病、養生“三位一體”特色精髓，兼容西醫，名醫、名藥、名方、名法薈萃。

2009年，為了配合北京市地鐵4號線菜市口站的興建，有著611年歷史的北京鶴年堂鶴年堂總店（菜市口店）于2009年7月1日正式喜遷新址，由原來廣安門內大街43-1號（菜市口十字路口西北角）遷至廣安門內大街6號（菜市口十字路口西南角）原址的馬路對面。在保留北京鶴年堂傳統的菜市口店的同時，北京鶴年堂新址由原來的兩層800平米擴大為3層1700余平米，設施齊備，環境優良，門診掛號方法與北京市各大三甲醫院接軌，候診大廳可同時容納80余人，極大的改善了就診環境和就診空間，為廣大患者及時，就診創造了一個優良的醫療條件，為真正實現服務患者，方便患者，讓客戶買到真正物美價廉的藥品提供了一個堅實的基礎條件。