小型中藥萃取罐的萃取原理是利用微波對物料進行萃取的。微波場中，各種物料吸收微波能力的差異使得基體物質的某些區域或萃取體系中的某些組分被選擇性加熱，從而使得物質內部產生能量差或勢能差，被萃取物質得到足夠的動力即從基體或體系中分離出來。微波萃取的機理可從兩方面考慮，一方面微波輻射過程是高頻電磁波穿透萃取介質，到達物料的內部維管束和腺胞系統。由于吸收微波能，細胞內部溫度迅速上升，使其細胞內部壓力超過細胞壁膨脹承受能力，細胞破裂。細胞內有效成分自由流出，在較低的溫度條件下萃取介質捕獲并溶解。

    通過進一步過濾和分離，便獲得萃取物料。另一方面，微波所產生的電磁場加速被萃取部分成分向萃取溶劑界面擴散速率，用水作溶劑時，在微波場下，水分子高速轉動成為激發態，這是一種高能量不穩定狀態，或者水分子汽化，加強萃取組分的驅動力；或者水分子本身釋放能量回到基態，所釋放的能量傳遞給其他物質分子，加速其熱運動，縮短萃取組分的分子由物料內部擴散到萃取溶劑界面的時間，從而使萃取速率提高數倍，同時還降低了萃取溫度，限度保證萃取的質量。 

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